Lưu trữ

Archive for the ‘Công cụ’ Category

Một số tham khảo cài đặt hypergraph

Thử tìm hiểu cách cài đặt hypergraph trên máy tính

http://www.hypergraphdb.org/downloads

http://www.bioconductor.org/install/ (co goi su dung hypergraph)
Advertisements
Chuyên mục:Graphs Thẻ:,

Làm việc với file bbl trong bibtex

Hôm qua submit báo mới ngỡ ra một điều là template họ đưa cần dùng các \bibitem để chèn tài liệu tham khảo mà không cần include file .bib. Nhưng thời gian đã hết, đành nộp đại file .tex như họ quy định mà không kịp chỉnh sửa gì cả. Về nhà, mình mới nhớ ra vấn đề này và hiểu được lý do họ chỉ cho phép upload các file dạng .doc, .rtf hoặc .tex mà không phải .pdf hay .tar.gz nào đó. Hóa ra, họ còn phải edit và chỉnh sửa lại để xuất bản một quyển kỉ yếu nên cần file .tex để tiện thao tác.

Thế là trong đầu chứ nghĩ: giờ mà chuyển hơn 40 mục tham khảo sang dạng \bibitem là cũng lâu đấy. Nếu dùng bibtool thì cũng có thể tạm nhưng cũng chỉ là .bib, không embed vào tài liệu .tex được. Đành viết một cái thư gởi supervisor tình hình nó thế. Nhưng sáng ra nhận một email là prof đã chuyển được rồi vì tất cả references của bài báo nằm hết trong file .bbl. Đầu giờ chiều nay nói chuyện này với cô mới biết là mình chưa bao giờ ngó nghiêng file .bbl gì cả mặc dù vẫn biết nó được sinh ra sau khi chạy lệnh bibtex. Giờ thì tha hồ mà chém rồi.

Chuyên mục:LaTEX Thẻ:, ,

Latex Help

Chuyên mục:LaTEX Thẻ:,

Xuất ra những tài liệu tham khảo được trích dẫn trong một tài liệu tex từ file .bib chung nhất

Tối có một vấn đề: Trong quá trình viết bài (article, proposal, resume, etc.) tôi muốn lưu tất cả tài liệu tham khảo vào một file .bib duy nhất vì muốn dễ quản lý các entry dùng các tool như JabRef. Dùng đường dẫn tương đối để chỉ ra file .bib trong file .tex. Với cách này, chúng ta sẽ tránh tình trạng trùng nội dung các entry nhưng chỉ khác tên. Tuy nhiên, một vấn đề chạm đến: khi submit báo, một số hội thảo, tạp chí yêu cầu gởi cả file .tex và .bib. Thế thì trong trường hợp này, chúng ta không nên gởi cả tập tin dữ liệu bibtex mà chỉ nên lấy ra những entries nào tham khảo trong tài liệu. Đây chính là chức năng mà tôi cần.
Ban đầu, tôi có một vài ý tưởng để làm việc này.  Chẳng hạn như:

  • Viết một ít code với Python hoặc /C++ gì đó đê lấy tất cả các tên được cite trong tài liều, sau đó lấy tất cả entries trong .bib dựa vào các tên lấy được trong tài liệu.
  • Import .bib vào một tool quản lý tài liệu tham khảo mà sử dụng MySQL và PHP. Sau đó, dùng câu truy vấn trừ (hoặc nối) để lấy ra những entries được cite.
  • Có một tiện ích nào đó trong hệ thống tex

Thế là, tôi bắt đầu gooogle để xem các anh em đã xử lý vấn đề này như thế nào. May mắn, tôi tìm ra được bibexport nhưng không cài đặt được. Không hiểu lý do gì nhưng mỗi lần chạy pdflatex để biên dịch file đều bị báo lỗi. Tôi vẫn kiên trì tìm kiếm công cụ khác, và tôi cũng có thấy bibtool nhưng không nghĩ nó thể làm được tính năng như tôi mô tả trên.

Tình cờ chạy ngang qua trang này, tôi nắm được tính năng tương tự như yêu cầu của tôi  có trong bibtool. Thế là việc cài đặt bibtool bắt đâu thông qua terminal với lệnh sudo apt-get install bibtool.

Sau đó, chỉ cần chạy lệnh:

bibtool -x paper.aux -o paperrefs.bib

để xuất ra các entries được tham khảo trong paper ra một file paperrefs.bib. Để kiểm tra, chỉ cần dùng lênh diff:

diff myreferences.bib paperrefs.bib

so sánh nội dung của file tài liệu tham khảo toàn bộ (myreferrences.bib) với file tài liệu tham khảo của 1 bài báo cho trước.

Chuyên mục:LaTEX Thẻ:, , , ,

Chèn tài liệu tham khảo trong Latex

Có 2 cách để làm việc này:

Cách 1: Chèn trực tiếp các tài liệu tham khảo vào ngay văn bản tex với các \bibitem

  • Chọn vị trí chèn danh mục tài liệu tham khảo, sau đó đặt một cụm lênh sau
\begin{thebibliography}{5}

\bibitem{latex}Helmut Kopka and Patrick W. Daly, \textsl{A Guide to
\LaTeX: Document Preparation for Beginners and Advanced Users},
fourth edition, Addison-Wesley (2004).

\bibitem{website}Some useful links are
given at \url{}.

\end{thebibliography}
  •  {5} là kiểu trình bày tài liệu tham khảo
  • Ở giữa, chèn bao nhiêu tùy thích các tài liệu tham khảo

Cách 2: Liên kết đến một tập tin .bib

Trước \end{document}, bạn đặt nhóm lệnh sau:

\bibliographystyle{plain}
\bibliography{sample1,sample2,...,samplen}

 

  • plain: kiểu định dạng tài liệu tham khảo, ngoài ra còn có natbib, plainnat,…
  • sample1, sample2,…, samplen: các tập tin .bib

 

Chuyên mục:LaTEX Thẻ:, , ,

Xuất dữ liệu ra file csv

Sau nhiều lần tính toán cho các file dữ liệu khác nhau, mỗi lần thực hiện thao tác, tôi lại thay đổi tên file và lặp lại các bước tương tự. Đành rằng tôi đã gói gọn các bước vào một file lệnh .R nhưng điều này cũng khá mất thời gian nếu như kết quả phải sửa đi sửa lại nhiều lần mà chưa được duyệt (vì tôi phải trình kết quả cho supervisor và thảo luận để tìm ra giải pháp). Vì thế, tôi mày mò tìm cách để xuất các giá trị mỗi lần tính toán cho một file dữ liệu. Và chỉ cần một vòng lặp để duyệt hết tất cả các file cần tính toán đến.

Tôi vẫn biết rằng R cung cấp cách hàm để đọc và xuất dữ liệu ra nhiều định dạng khác nhau. Nhưng mày mò một hồi với phương thức write.csv và write, tôi vẫn chưa thành công. Sau một hồi tìm hiểu, tôi đã nắm được nguyên tắc và ghi lại ở đây.

Bài toán như sau:

Tính toán các thuộc tính average degree (ad), diameter (dia), local clustering coefficient (lcf) và global clustering coefficient (gcf) cho mỗi mạng muscle, liver, yeast, fpcBMC, aracell, và aracell2.

Như vậy, ở đây chúng ta cần thực hiện 6 lần, mỗi lần như thế phải ghi lại kết quả của 4 biến ad, dia, lcf và gcf. Sau 6 lần thực hiện, kết quả cuối cùng là một bảng tổng hợp 4 thuộc tính của 6 mạng.

Code:

df<-NULL
for(r in 1:6)

# tính toán kết quả và lưu vào 4 biến
rbind(df, data.frame(ad=r,dia=r,lcf=0,gcf=0)) ->df

print(df)
write.table(df,file=”Myfile.csv”,sep=”,”,row.names=F)

Bằng cách chạy đoạn mã trên, tôi đã giải quyết công việc nhanh chóng và có thể thực hiện cho nhiều mạng khác.

Chuyên mục:R language Thẻ:, ,

Phân tích và hình ảnh hóa mạng phức hợp sử dụng igraph

Thực sự tôi không biết phải dùng từ tiếng Việt nào cho hợp lý với từ chuyên ngành “visualisation”. Tôi dùng tạm cụm từ “hình ảnh hóa” để nói lên chức năng của nó. Nội dung bài viết này xoay quanh “Basic network analysis and visualization with igraph”

Những ai đã từng mô hình các khối dữ liệu lớn dựa vào lý thuyết đồ thị thì chắc sẽ biết đến thư viện igraph. Đây là một bộ thư viện viết riêng để xử lý đồ thị (graph) và mạng (network) nói chung. Nó cung cấp các hàm để bạn tính toán trên đối tượng graph đã tạo trước.

Về cơ bản, igraph hỗ trợ dưới dạng các hàm API được viết bằng ngôn ngữ C. Hoặc bạn sử dụng trực tiếp vào chương trình viết bằng ngôn ngữ C/C++ tương tự như những thư viện khác. Hoặc nếu muốn sử dụng vào những ngôn ngữ khác như Python thì bạn cần cài đặt gói binding – giống như adapter/interface để giao tiếp với những hàm viết bằng Python của bạn. Còn tôi, tôi dùng nó với ngôn ngữ R, một anh chàng đẹp trai chuyên dùng trong xác suất thống kê. Và thế, bạn sẽ phải cài gói igraph dành cho R trước khi sử dụng nó nhé. Xem thêm phần giới thiệu sử dụng gói igraph ở đây.

Chuyên mục:R language Thẻ:, ,
TechCrunch

Startup and Technology News

KTLA

Los Angeles News and Video for Southern California

GROUPE IFV - Ingénieurs France-Vietnam

La page d'information du groupe des ingénieurs france-vietnam

Journal Métro

Le site web du quotidien gratuit Métro Montréal

CHUNG ACADEMY

www.hoaichung.com

5 Continents 4 Oceans

Chuyên trang DU LỊCH và DU HỌC

VinaCode

Lập trình & Cuộc sống

Khải Đơn

Vui chơi hết ngày tháng

Love & Luce

A Canadian executive businesswoman moves to Rome, for amore & luce!

Hội Anh Em Dân Chủ

Vì một nước Việt: Dân chủ - Văn minh - Pháp trị

The Art of Scientific Communication

Advice for university students in science and engineering - by Faye Hicks, PhD, PEng

MoopenCafé - Mobile Open Café

“A mind is like a parachute. It doesn't work if it is not open.” ― Frank Zappa

Economics One

A blog by John B. Taylor

BarDev - Archive

A programming blog by Mike Barlow

NHỮNG HỒI ỨC VÀ KỶ NIỆM LỊCH SỬ

Trăm năm bia đá thì mòn, Ngàn năm bia miệng vẫn còn trơ trơ

Wine Blog

by Coco Linh

Xi'an's Og

an attempt at bloggin, nothing more...

Just Go

...as long as we're together

My Journey With Data Science

'every journey begins with a single step'