Archive

Archive for the ‘Bioinformatics’ Category

Thuật ngữ “novel drug targets” là gì?

Tôi không biết thuật ngữ này nghĩa là gì mặc dù đã đọc và gặp nó nhiều lần trong các bài báo.

Meaning of metabolites in metabolism

Trong phần này, tôi muốn cắt nghĩa một số metabolite phổ biến trong metabolism.

Metabolite Meaning/Explaination
OAA OxAloAcetate
AcCoA Acetyl CoenzymeA
is an essential participant in a vast range of primary and secondary biochemical pathways that supply the core building blocks and energy for the cell, and allow the environmentally responsive flexibility that is essential to plants as sessible life forms.
CoA CoenzymeA
is an essential participant in a vast range of primary and secondary biochemical pathways that supply the core building blocks and energy for the cell, and allow the environmentally responsive flexibility that is essential to plants as sessible life forms.
Cit Citrate
Isocit
Akg Alpha (α) ketoglutarate
OAA OxAloAcetate

Một ví dụ dễ hiểu về elementary flux mode

An Introduction to Metabolism

Tôi thấy cái này An Introduction to Metabolism là một giới thiệu sinh động, trực quan về metabolism nên để đây cho mọi người tiện theo dõi.

Thuật ngữ trong Bioinformatics (Phần 2)

Elementary Flux Mode: An elementary flux mode is a minimal set of enzymes that could operate at steady state, with all the irreversible reactions used in the appropriate direction (Schuster et al., 2000).
Kiểu luồng  cơ sở (EFM) là một tập cực tiểu các enzymes mà có thể vận hành ở trạng thái đang phát triển với tất cả các phản ứng một chiều (không đảo được) được sử dụng theo hướng hợp lý.

Metabolic route: có thể hiểu như là các metabolic pathway.

Pentose Phosphate Pathway: Xem hình này. Một giải thích dễ hiểu hơn ở đây.

Thuật ngữ trong Bioinformatics (Phần 1)

Cell: là đơn vị chức năng cơ bản nhất của sự sống do nhà khoa học Robert Hooke (18 July 1635 – 3 March 1703, một tiến sĩ trong lĩnh vực tự nhiên) nghĩ ra và sử dụng lần đầu tiên. Nó được xem như là đơn vị chức năng cơ bản nhất của tất cả những sinh vật (organisms) được biết đến đang tồn tại; là đơn vị nhỏ nhất của sự sống. Một số sinh vật, chẳng hạn như hầu hết bacteria, chỉ có một cell (gọi là unicellular). Nhưng đối với một số sinh vật khác, như con người, là những sinh vật chứa nhiều cell (gọi là multicellular). Cơ thể con người có khoản 100 trillion hay 1014 cells; kích thước thông thường của một cell là 10 µm và một mass của cell thông thường là 1 nanogram. [2]

Metabolic Pathway: là một dãy phản ứng hóa học (series of chemical reactions) xảy ra bên trong cell. Bên trong những dãy phản ứng hóa học này, một hóa chất được vận chuyển vào những chất khác qua một loạt các bước. Những phản ứng này được xúc tác (catalysed) bởi các enzymes và thường sẽ yêu cầu các vitamins và khoáng chất (minerals) để làm việc một cách hợp lý.

Nhà vật lý người Anh, Archibald Garrod, đã thực hiện một trong những nghiên cứu đầu tiên về metabolic pathways vào năm 1909. Ông cho rằng các metabolic pathways quan trọng nhất bên trong cơ thể người là glycolysis (pathway được khám phá đầu tiên), vòng Krebs (Krebs cycle), oxidative phosphorylation and gluconeogenesis. Tập hợp tất cả những pathway bên trong cơ thể người (human body) được gọi là metabolic network, và điều này quyết định những thuộc tính sinh hóa và hoạt động của một cell.

Metabolism: là tập các phản ứng hóa học xảy ra bên trong sinh vật đang tồn tại để duy trì sự sống (Có khác gì với metabolic pathway không nhỉ?). Các quá trình này cho phép sinh vật phát triển (grow) và tái tạo (reproduce), duy trì (maintain) cấu trúc của chúng, và phản ứng (respond) với môi trường xung quanh chúng. Metabolism thường được phân chia thành hai nhóm. Catabolism bẻ gãy (break down) các organic matter (hoặc organic material), ví dụ để thu năng lượng trong cellular respiration. Anabolism sử dụng năng lượng để xây dựng các thành phần của cells như proteins và nucleic acids. The chemical reactions of metabolism are organized into metabolic pathways.

 

[1] http://www.wisegeek.com/what-is-the-metabolic-pathway.htm

[2] http://en.wikipedia.org/wiki/Cell_(biology)

Small-world network

The small-world model can serve to minimize transition times between metabolic states, and contains evidence about the evolutionary history of metabolism.
Mô hình small-world có thể phù hợp để làm tối thiểu thời gian chuyển đổi giữa các trạng thái metabolic, và chứa những nhân tố, sự kiện về lịch sử cách mạng của metabolism.

TechCrunch

Startup and Technology News

KTLA

Los Angeles News and Video for Southern California

GROUPE IFV - Ingénieurs France-Vietnam

La page d'information du groupe des ingénieurs france-vietnam

Journal Métro

Le site web du quotidien gratuit Métro Montréal

CHUNG ACADEMY

www.hoaichung.com

5 Continents 4 Oceans

Chuyên trang DU LỊCH và DU HỌC

VinaCode

Lập trình & Cuộc sống

Khải Đơn

Vui chơi hết ngày tháng

Love & Luce

A Canadian executive businesswoman moves to Rome, for amore & luce!

Hội Anh Em Dân Chủ

Vì một nước Việt: Dân chủ - Văn minh - Pháp trị

The Art of Scientific Communication

Advice for university students in science and engineering - by Faye Hicks, PhD, PEng

MoopenCafé - Mobile Open Café

“A mind is like a parachute. It doesn't work if it is not open.” ― Frank Zappa

Economics One

A blog by John B. Taylor

BarDev - Archive

A programming blog by Mike Barlow

NHỮNG HỒI ỨC VÀ KỶ NIỆM LỊCH SỬ

Trăm năm bia đá thì mòn, Ngàn năm bia miệng vẫn còn trơ trơ

Wine Blog

by Coco Linh

Xi'an's Og

an attempt at bloggin, nothing more...

Just Go

...as long as we're together

My Journey With Data Science

'every journey begins with a single step'